Vers 1385, les moines de l'abbaye bénédictine de Saint-Martin-d'Autun, sous l'impulsion d'Eudes III, ont construit l'abbaye de Chanchanoux sur le territoire de l'actuelle commune de Saint-Eugène qui devint peu à peu un prieuré. Le village abrite également une église de la fin de la période romane dans laquelle le visiteur peut voir des statues de Notre-Dame à l'Enfant et de saint François de Sales. L'église peut se visiter toute l'année. Saint-Eugène a également créé un verger conservatoire en 2011. Enfin, le châtaignier des Crots a été référencé au sein de " L'inventaire des arbres remarquables de Bourgogne ".